Pada akhir tahun 2006, tepatnya tanggal 7 Desember 2006, Majelis Hakim Mahkamak Konstitusi (MK) kembali membuat putusan mengejutkan. Putusan itu ialah pembatalan Undang-Undang Nomor 27 Tahun 2004 tentang Komisi Kebenaran dan Rekonsiliasi atau KKR. Putusan MK ini menutup salah satu peluang legal penyelesaian pelanggaran berat HAM diluar mekanisme pengadilan. Artinya korban dan keluarganya atas pelanggaran HAM tersebut kembali hanya dapat berharap dengan mekanisme pengadilan HAM ad hoc sebagaimana yang diatur UU No. 26/2000 tentang Pengadilan HAM. Namun, mekanisme hukum ini bukan suatu yang mudah. Hambatan politik di parlemen dan keengganan pemerintah (Jaksa Agung) membuat mimpi tentang proses hukum selalu terpinggirkan.
Sebelumnya
pihak pemohon hanya meminta Mahkamah Konstitusi (MK) untuk menguji sejumlah pasal
dari UU tadi, yang dinilai bertentangan dengan konstitusi Undang-Undang Dasar
1945. Para pemohon yang terdiri dari Kontras, Elsam, SNB, Imparsial, LPKROB,
LPKP serta sejumlah korban pelanggaran HAM meminta MK menguji Pasal 27 dan
Pasal 1 Ayat 9, keduanya soal pemberian amnesti, serta Pasal 44 tentang hak korban
menempuh jalur hukum. Sementara Pemohon kedua, Arukat Djaswadi dan KH, M Yusuf
Hasyim dengan kuasa hukum Sumali, meminta MK menguji Pasal 1 ayat 1, 2, dan
Ayat 5 terkait cara rekonsiliasi.